De activiteiten van Al-Qaida worden hoofdzakelijk door Osama bin Laden gefinancierd. Hij financiert al lang operaties met zijn persoonlijk fortuin van de Bin Laden Groep, zijn vaders bouwbedrijf, dat op een gegeven moment werd geschat op tussen de 270 en 300 miljoen dollar.
Nadat Bin Laden zich in Soedan vestigde, richtte hij diverse bedrijven op, waaronder een houdstermaatschappij genaamd Wadi al-Aqiq, een bouwbedrijf genaamd al-Hijrah, een landbouwbedrijf Themar al-Moebaraka, een investeringsmaatschappij Taba Investeringen, een leerbedrijf Looierij Khartoem en een transportbedrijf met de naam Qoedarat Transport Onderneming.
Hij heeft met deze nieuwe bedrijven zijn fortuin aanzienlijk uitgebreid omdat hij van de Soedanese regering bouwprojecten kreeg met een hoog profiel. Hij heeft ook bijna het monopolie voor veel exportbedrijfstakken, onder andere sesam- en maïsproducten. Al-Qaida kon deze bedrijven gebruiken als dekmantel voor de inkoop van explosieven, wapens en chemicaliën en het transport van terroristen, en om heel veel geld te verdienen.
Behalve Osame bin Laden krijg Al-Qaida nog steeds veel steun uit de hele wereld om de Jihad voort te zetten, Het netwerk heeft naar verluidt extra fondsen gekregen uit diverse bronnen in het Midden-Oosten. In 1999 onthulde de regering van Saoedi-Arabië dat een groep islamitische geestelijken naar schatting 50 miljoen dollar aan kapitaal hebben laten vluchten in de vorm van aalmoezen aan Bin Laden.
Men denkt dat Al-Qaida ook fondsen heeft verworven via de Dubai Islamic Bank te Dubai die wordt beheerd door de Verenigde Arabische Emiraten. De regering van Saoedi-Arabië heeft Khalid bin Mahfoez, een rijke Saoedische bankier, aangehouden wegens het witwassen van bijdragen van Saoedische zakenlieden via zijn bank.
Amerika heeft diverse bedrijven en liefdadigheidsinstellingen getraceerd die worden verdacht van het werven en witwassen van fondsen voor Al-Qaida. Een van die liefdadigheidsinstellingen is het Mercy International Relief Agency.
Sommige activiteiten van Al-Qaida worden gefinancierd door persoonlijk spaargeld van terroristen, berovingen en commerciële activiteiten van individuen en bedrijven.