De strijd tussen de Spanjaarden en de Nederlanders kon nauwelijks worden beslist op het slagveld. Beide partijen waren sterk aan elkaar gewaagd. Daarom werd besloten om te onderhandelen. Na een buitenlandse bemiddeling werden vredesbesprekingen gehouden in den Haag.
De Spaanse bevelhebber Spinola kwam hiervoor zelf naar Den Haag toe. Er kon echter geen overeenstemming worden bereikt tussen de strijdende partijen. Een definitieve vrede behoorde dus niet tot de oplossingen.
Op 9 april 1609 werd echter wel in Antwerpen besloten om over te gaan tot een bestand. Dit bestand zou uiteindelijk twaalf jaar duren. Tijdens dit bestand ontstonden er godsdienstconflicten in Nederland. De vrijzinnige remonstranten kregen een conflict met de contra-remonstranten.
Ook waren de remonstranten republikeins en contra-remonstranten waren prinsgezind en wilden dus prins Maurits aan het bewind. Johan van Oldenbarnevelt koos de zijde van de remonstranten en prins Maurits sloot zich aan bij de contra-remonstranten. Een burgeroorlog leek niet ver weg.
Prins Maurits werd steeds populairder bij de Nederlandse bevolking. Hierdoor nam het gezag van de republikeinse regenten af. De bevolking begon zich tegen de regenten te keren. En op 4 augustus 1617 kwam het conflict tot een escalatie.
De remonstranten van de Staten van Holland namen een resolutie aan die ook wel de “Scherpe Resolutie” werd genoemd. Hierin gaven ze de bevolking van hun steden de vrijheid om op te treden tegen de contra-remonstranten die de prins volgden. Deze resolutie vond prins Maurits een uiting van verraad. Hij beschuldigde Johan van Oldenbarnevelt en zijn volgelingen van verraad en liet hen op 28 augustus 1618 arresteren.
Johan van Oldenbarnevelt werd ter dood veroordeeld. Op 13 mei 1619 werd hij op het Binnenhof in Den Haag onthoofd. Deze daad werd door een groot deel van de Nederlandse bevolking afgekeurd. In 1620 overleed Willem Lodewijk de neef van Maurits. Hij was op dat moment stadhouder van de provincies Friesland, Groningen en Drenthe. Willem Lodewijk werd opgevolgd door zijn jongere broer Ernst Casimir.
Een jaar later, in 1621, overleed Albertus van Oostenrijk die het zuiden van Nederland onder zijn bewind had. Hij had altijd het Spaanse gezag in Nederland proberen te bevestigen. Zijn huwelijk met Isabella de dochter van Filips II was kinderloos gebleven. De Zuidelijke Nederlanden kwamen dus weer direct onder Spaans bestuur. Isabella bleef wel landvoogdes maar had weinig invloed op de militaire ontwikkelingen.
De Spaanse troepen begonnen de troepen van de Nederlandse Republiek weer aan te vallen en het Twaalf Jarig Bestand kwam hiermee ten einde.